Shadow Punisher, İmparatorluk sınırları içinde yaşanan sıra dışı suçları araştıran üç yetenekli karakterin güçlerini birleştirmesini konu alıyor. Li Si, Dördüncü Prens’in ölümünün sıradan bir olay olmadığına inanır ve cevap bulmak için Dedektiflik Birimi’ne gizlice katılır. Burada adli tıp alanında benzersiz bilgiye sahip Bai Zhenzhu ile karşılaşır. Ekibe daha sonra doğaüstü olayları araştırması ve üstün savaş becerileriyle bilinen Meng Rui dahil olur. Birbirlerinden oldukça farklı olsalar da vakaları çözme konusundaki kararlılıkları onları güçlü bir ekip hâline getirir. Sekiz gizemli dava boyunca zehirlenmelerden kapalı oda cinayetlerine, eski düşmanlıklardan saray içi komplolara kadar birçok tehlikeyle yüzleşirler. Ancak her ipucu, Li Si’nin asıl araştırdığı olayla bağlantılı yeni bir sır ortaya çıkarır ve onları kimsenin dokunmaya cesaret edemediği güçlere karşı karşıya getirir.